引起口咽癌的原因有遗传因素、饮食不健康、物理以及化学因素、全身性疾病影响等。如果有家族性口咽癌的直系亲属，其发生疾病的风险相对会更高。
饮食结构不合理，暴饮暴食或是过度节食，造成营养不良或是营养过剩，很容易造成营养代谢失衡，降低人体免疫能力，容易受到炎症等感染进而诱发口咽癌。
经常性的吸烟、饮酒也是诱发口咽癌的重要原因。长期进行放射性治疗、处于化学环境工作中的人群，很容易受到物理化学因素的干扰，导致身体出现变异，容易诱发口咽癌。