贲门失迟缓症的临床表现，主要包括吞咽困难、反流、胸疼、体重减轻和呼吸道症状等，吞咽困难100%，反流占87%，胸疼57%，体重减轻35.5%，呼吸困难症状32.8%。
其它的症状还可以有贫血、出血，疾病后期极度扩张的食管可压迫胸腔内器官而产生干咳、气急、紫绀和声嘶等。
贲门失迟缓症还可继发食管炎，食管黏膜糜烂，溃疡和出血，食管气管漏，自发性食管破裂以及食管癌，食管癌的发生率2%~7%，特别是病程达10年以上，食管明显扩张，严重的病人更易发病。但食管贲门失迟缓症的病人合并食管癌的时候，其临床表现无明显改变，使及时诊断非常困难。