灰指甲是由于患者的甲板或者甲下组织的部位，发生了真菌的感染，从而引起指甲本身的一个病变，此时指甲可以发生颜色的改变，甚至质地的改变。
但是，引起灰指甲的真菌一般分为两大类，一个是由于皮肤癣菌所引起来的灰指甲，例如引起手癣或者足癣等这类的真菌。由于皮肤癣菌所引起的灰指甲，即称之为甲癣。
另外，导致灰指甲的甲真菌也可能是由于非皮肤癣菌所引起的指甲甲板或者甲床下组织受到感染。但无论是哪种原因导致的灰指甲，在治疗上，都使用一定的抗真菌药物进行治疗。