交叉性异位肾中膀胱、输尿管反流率很高，所以，以往诊断交叉性异位肾，以排泄性尿路造影为主。随着技术的发展，腹部超声和放射性核素扫描，可以更准确诊断交叉异位肾的存在，从而发现更多无症状的病例。
应用肾断层摄影可以确定肾轮廓，应用膀胱镜和逆行尿路造影可以描绘出尿路通道的走行，动脉造影可以揭示双侧肾脏的血供来源。
因肾血管通常是畸形的，肾动脉造影在手术前是必需的，而磁共振可以更详细的了解畸形的形态、融合部位等细节，因此，现在多采用磁共振作为交叉异位肾的检查手段。