肛门长乳头瘤和痔疮是不一样的，是完全不同性质的疾病。
肛门长乳头瘤是由于肛门的固有肛乳头受到外来因素影响，出现了体积上的增大。反复受到局部细菌、病毒的感染，或者是粪便的摩擦刺激，肥大的肛乳头发生了瘤样的改变，进而形成肛乳头瘤。可以脱出到肛门外，可以导致肛门的坠胀不适，还可以发生排便时的出血。肛乳头瘤长时间得不到治疗，还可能会出现癌变。
痔疮是身体的固有组织结构，受到外来因素的影响，发生了病理性的改变。根据位置不同，分为内痔、外痔和混合痔，一般不会发生癌变的情况。