异位妊娠会自然流产的。异位妊娠虽然是属于异常的妊娠，但是大部分情况下由于受精卵着床的部位，因为组织结构及功能都无法满足胚胎的生长发育，而使胚胎发育不良，导致异位妊娠流产。
但是这种自然流产，和宫内自然流产是完全不同的。宫内的自然流产是出现阴道外出血的情况，并且会有下腹阵痛、排出妊娠物的症状，随着妊娠物的排净不适症状停止。但如果出血多，需行清宫术治疗。
而异位妊娠的自然流产主要是出现腹腔内反复出血，形成盆腔积血及血肿。如果流血量多的话也会失血性休克，有随时可能急诊手术的风险。