艾灸在治疗宝宝厌食时如果操作不当，也会出现一定的副作用。
如果艾灸时距离掌握不好，离宝宝皮肤过近，有可能会造成宝宝烫伤，引起宝宝皮肤损伤等；另外进行艾灸时会产生一些气味，如果宝宝是过敏体质，可能会造成宝宝出现过敏反应，甚至有时会导致宝宝出现咳嗽、喘息，以致于诱发哮喘等疾病出现。
在给宝宝进行艾灸治疗厌食时，建议要由专业医生进行操作，这样可以避免操作不当引起宝宝皮肤烫伤，同时要保持艾灸环境空气清新，这样有效减少气味对宝宝产生的不利刺激，这样才是对孩子最有好处的。