如果是由于急性感染性疾病所导致的腹泻，而且是在急性期，不建议做肠镜检查。因为这个时候肠道黏膜可能存在充血、水肿比较严重的情况，进行肠镜检查有可能会对肠黏膜造成刺激，引起穿孔的几率比较大，所以不建议进行肠镜检查。
如果是由于肠道炎症性病变、肠道占位性病变等原因导致的腹泻，需要及时进行肠镜检查。进行肠镜检查不但可以发现肠道黏膜的具体情况，还可以对肠道黏膜有异常增生的组织取活检。
对于腹泻的患者，除了要做肠镜检查外，还需要进行大便常规、血常规等相关项目检查。