输卵管积水以抗生素治疗为首选，必要时行手术治疗。
如果患者症状轻微，可以口服或肌肉注射抗生素治疗，常用的药物有头孢菌素类，如果有头孢类过敏史，可以选择氧氟沙星类药物，同时加服甲硝唑。
对于重度输卵管积水，药物治疗后症状无明显变化，需要及时手术治疗。如果患者有生育要求，则需控制输卵管积水管径小于3cm，切开输卵管进行整形造口手术，术后可以较大程度提高受孕率，但存在术后复发的可能。如果患者无生育要求，可切除输卵管以达到根治的目的。