先天性房间隔缺损有可能会遗传给孩子。如果父母双方都携带先天性房间隔缺损的病因，孩子患有先天性房间隔缺损的概率会非常大。
除了遗传以外，先天性房间隔缺损还有可能是因为宫内感染所引起，比如女性在怀孕期间被病毒感染，或者怀孕期间缺乏叶酸，以及接触了放射性物质等，都有可能会引起先天性房间隔缺损。
孕妇是特殊的群体，需要补充足够的营养，特别是怀孕初期需要补充叶酸。另外远离有辐射的物质，不要到人多的地方，避免感染病毒。