直肠炎的治疗，要根据具体病因、症状，选择不同的药物：
第一，感染。对于不同的病原菌导致的直肠炎，可以选择采用敏感抗生素进行抗感染治疗，多见于急性感染患者。
第二，炎症性肠病。由于炎症性肠病导致的直肠炎，比如克罗恩病或者是溃疡性结肠炎，建议选择5-氨基水杨酸类制剂进行治疗。对于重症的患者可以应用糖皮质激素或者免疫抑制剂进行治疗，也可以应用生物制剂。
第三，异物损伤。异物损伤导致的直肠炎，可以积极去除病因，局部使用药物进行治疗。