孕酮低的原因主要是由于胚胎发育不良所引起的。如果是发生了自然流产或者是胚胎停育，或者胚胎没有位于宫腔而是种植在了输卵管部位，也就是宫外孕，胚胎不能得到很好的生长发育的环境，激素水平就会比较低。
如果发生了胚胎停育，往往孕酮的值会小于五，但是孕酮在怀孕早期是呈波动性的分泌，所以孕酮的值在十几到二十几之间的范围都是属于正常的。所以如果在怀孕早期发现孕酮值是波动性的，稍有降低不用过于担心，因为这种情况大多数都是正常的，胚胎发育是没有任何问题的。
但是如果孕酮值低于五，就要考虑胚胎发育不良的可能性了，就需要做进一步的检查。