内膜异位症的临床表现多种多样，随着病变部位的不同，临床表现也有所不同，症状的特征大多与月经周期密切相关。主要的症状就是疼痛和月经异常以及不孕症。疼痛是内膜异位症的主要症状，表现为痛经、慢性盆腔痛、性交痛以及急腹痛，痛经是子宫内膜异位症的典型症状，表现为继发性痛经并随病变的进展而渐进性的加重。另外慢性盆腔痛的病人也是比较多的，少数病人表现为持续的、反复的、慢性的盆腔痛，经期加重。大约有30%的病人，可以出现性交痛，多见于直肠子宫陷凹、有异位病灶或者是因病变导致子宫后倾固定的病人。另外是由于子宫内膜异位囊肿反复破裂导致的急性腹痛。再有就是15%到30%的病人会出现月经量增多、经期延长或者月经淋漓不尽，而内异症的病人不孕的几率可以达到50%。