许多伤口都不能够使用双氧水，例如角膜的伤口，因为在使用双氧水后会损伤到角膜，此时可能会影响到视力，严重时还会导致失明。
如果是腹腔内的伤口，并且网膜或者是脏器已经暴露出，这时也是不能够使用双氧水的，因为双氧水会损伤到脏器的表面。如果为较深并且狭小的伤口，这时也不能够使用双氧水进行高压冲洗，因为当解离出来的氧离子不能够排出体外时，会进入血液，严重时会危及生命安全。
双氧水是一种常用的消毒药物，如果有伤口，需要在医生的指导下进行应用，以防止出现不良的后遗症。在使用双氧水后，一般需要使用碘伏溶液或者是生理盐水进行冲洗，将残余的双氧水进行去除。