脑脓肿可以进行保守治疗，主要针对于脓肿较小，没有引起特别严重症状的患者。
保守治疗的方式主要是进行药物治疗，比如使用抗感染或者是抗真菌的药物进行针对性治疗，避免感染进一步加重，也可以使用糖皮质激素以及利尿药改善脑水肿。
如果使用药物治疗没有效果，脓肿较大，还可考虑进行手术治疗。对于位置较浅的脓肿，主要是通过手术进行切开引流处理，然后再选取相应的抗感染药物进行治疗。如果脓肿的位置较深，可进行穿刺抽取，然后再向脓腔内注射抗感染的药物。