马兜铃酸肾病的治疗关键在于禁用或者慎用含有马兜铃酸药的制剂，因为马兜铃酸肾脏损害，有个体差异，有些人即使使用少剂量的马兜铃酸，肾脏也容易出现受损。
治疗马兜铃酸肾病一般可以采取中西医结合治疗的方法，比如糖皮质激素的应用，对于急性或者慢性马兜铃酸肾病早期患者是有效，可以减少肾脏纤维化的发生。
当然，治疗的疗程与剂量是因人而异。在中药方面可以使用虫草制剂，因为虫草制剂可以改善机体免疫力，可以促进肾小管间质病变的修复。如果患者存在有酸中毒的情况下，可以使用碳酸氢钠纠正酸中毒。如果已经出现贫血，应当使用促红细胞生成素。