化脓性肉芽肿通过及时治疗，多数可以完全康复。
如果有继续的化脓感染或者是身体免疫能力下降，以及某些药物刺激引起的化脓性肉芽肿，有可能还会再次发作。所以应该正确认识了解病因，去除一切不利的诱发因素，身体有外伤因素积极的进行治疗，预防感染，药物所引起的化脓性肉芽肿，需要及时的停止服用这一类的药。针对免疫能力下降的患者应该加强营养，并且多锻炼身体，提高主动免疫能力，也可以配合使用一些免疫调节剂，提高被动免疫力。
临床上如果出现化脓性肉芽肿反复发作，还应该进一步进行病理检查，看是否有其他的恶性疾病。