轻微脑血栓的治疗主要为病因治疗、药物治疗及坚持长期的有氧运动等。
轻微脑血栓即腔隙性脑梗塞，多是因高血压、高血脂、糖尿病等因素引起，所以可以通过低盐、低脂、低糖、低胆固醇饮食控制三高症状，也可服用降压药物，如硝苯地平、降脂药物，如阿托伐他汀等药物控制血压、血脂在正常范围内尤其关键。
对于轻微脑血栓若引起肢体及面部的麻木、发音嘶哑等症状，需考虑给予阿司匹林防止血小板聚集血栓形成，给予他汀类药物应用起到降低血脂、稳定斑块，防止斑块脱落致轻微脑血栓形成作用，结合改善微循环药物治疗，以改善患者的症状并避免进一步加重。
平时坚持进行有氧运动，可明显降低血脂，对于有效地预防和控制高血压及糖尿病亦有一定的作用，对于轻微脑血栓的治疗和预防都有重要的作用。