先天性心脏病有一定的遗传因素，但目前没有确定为遗传性疾病。先天性心脏病不是全部由于遗传因素导致，它的疾病原因有很多种，常见的包括母亲在孕期有病毒感染、经常接触放射性射线、营养缺乏、早产等因素。
先天性心脏病是在孕期胚胎发育过程中，心脏和大血管出现了解剖结构的异常，或者在胎儿出生以后正常闭合和关闭的通道没能关闭的情况。
遗传因素在先天性心脏病的原因中比例比较小，有一部分先天性心脏病是新生儿出生后能够慢慢的长好，另一部分是需要后天手术治疗，但目前先天性心脏病不属于遗传性疾病。