窦性心律不齐不会导致心脏疼。窦性心律不齐只是窦房结发放电冲动的频率不匀齐形成，而呼吸节律是影响窦房结发放电冲动频率快慢的最常见因素。
绝大多数的窦性心律不齐属于生理性，不会引起心脏方面的不舒服，更不会引起冠状动脉病变而导致心肌缺血、缺氧的发生。也就不会引起心绞痛，不会出现心脏部位的疼痛。
当然，如果患者本身就有心绞痛或者有甲状腺功能亢进或肺部的其他疾病，有可能会出现窦性心律不齐，这需要做进一步检查来明确心律不齐的病因。