心房颤动射频消融手术，治疗的总体风险是比较小。
随着目前我国心律失常医生培养制度的完善，以及心房颤动射频消融手术工具的研发进步，心房颤动射频消融手术治疗的安全性正逐步提高。从目前现有的数据填报来看，我国心房颤动射频消融手术引起死亡现象的发生，其发生率控制在1/10000以内。这种严重并发症的发生率比较低。
当然，一些不足以致命的并发症，比如穿刺部位的血肿或者渗血现象，这类并发症相对比较多。但这种不严重的并发症经过医生的及时处理，往往很快就可以恢复正常，一般不会遗留严重的后果。