肛门隐隐作痛可能是内痔引起，内痔发生在肛门内，会出现便血和脱出症状。当内痔合并炎症或血栓时，会出现肛门隐隐作痛。肛门内纳入痔疮栓，外用痔疮膏等对症治疗。
肛门隐隐作痛，还可能是肛窦炎引起，肛窦炎会出现肛门坠胀感，伴有肛管内烧灼疼痛或刺痛。排便后由于肛门疼痛，会引起括约肌痉挛，出现肛门处阵发性隐痛。可肛门内纳入消炎痛栓，用中草药进行肛门熏洗、坐浴，肛门处进行理疗等对症治疗。
肛门隐隐作痛，还可能是肛周感染引起。早期肛周感染会出现肛门隐隐作痛，感染进一步发展，肛周会出现红肿和疼痛，要及时进行抗炎对症治疗。