精囊结石通常会引起剧烈的射精疼痛，当射精疼痛加重以后，会影响到男性的性功能，使男性惧怕性生活，从而导致性功能障碍疾病，比如阳痿、早泄等，严重降低性生活质量，影响夫妻之间感情。
尿道结石还容易继发感染，如果感染得不到控制，还会导致全身性的感染。因此，在确诊为精囊结石疾病以后，如果处于感染初期，可通过口服或者注射抗生素类的药物予以缓解。
如果精囊结石合并有前列腺增生，在必要时还应进行手术治疗。经过及时的治疗，结石能够得到清除，症状也会逐渐改善。