睡觉起来腰疼得厉害有多种原因，比如床垫过软、过硬，或者在睡觉时仰卧位时间较长、腰部着凉，都可以引起腰部肌肉软组织损伤，在肌肉内出现气血运行受阻，表现为腰部疼痛。
如果病人曾经有腰椎间盘突出症、腰椎管狭窄症，出现腰部无菌性炎症，有筋膜炎、滑囊炎等病症，都会在睡觉起来后表现为腰部疼痛、下肢皮肤麻木，不能做正常的弯腰、行走等活动。
病人有风湿免疫性方面的疾病，出现强直性脊柱炎，在睡觉起来后会有明显腰部疼痛、肌肉组织僵硬的表现。