关节疼痛不排除是免疫系统疾病的可能。
临床上一些自身免疫性疾病，如强直性脊柱炎可以造成关节的疼痛。强直性脊柱炎可以造成骶髂关节、脊柱以及髋关节、膝关节等部位的疼痛，其大部分患者HLA-B27呈阳性的表现。
另外，免疫系统疾病类风湿性关节炎也可以造成关节的疼痛，类风湿性关节炎引起的疼痛以四肢的小关节疼痛为主，伴有晨僵的表现，大部分患者类风湿因子呈阳性等。而临床上其它一些疾病也可引起关节疼痛，如骨性关节炎、痛风性的关节炎、感染性的关节炎以及外伤性的因素等。