肠镜不可以代替肛门镜。
肛门镜检查和肠镜检查有各自的检查适用范围，不可以互相替代。肛门镜主要检查肛管和直肠的病变，如内痔、肛窦炎、肛乳头肥大、直肠息肉、直肠炎等。肠镜可以检查结直肠肿瘤、结直肠息肉、肠道炎症性疾病等，还可以查明下消化道出血的原因和部位，并进行止血治疗，可以肠镜下切除肠息肉。
虽然肠镜检查可以观察到内痔、直肠病变，但是不能为了检查痔疮而去做肠镜检查，应用肛门镜检查较适合，检查肛管附近的疾病。肛门镜检查具有操作简单、方便的特点。如果检查全结肠和直肠病变，选择肠镜适合。所以，不同的疾病范围，要采取相应的检查方法。