肛周红肿如果是由于细菌感染导致的毛囊或者皮脂腺的发炎，可以使用抗生素药物进行治疗，可以使用碘伏进行涂擦。同时配合红霉素软膏等药物进行局部的涂抹，还可以同时口服抗生素药物治疗。
如果肛周的红肿是由于肛门周围感染所引起，比如形成肛门周围间隙的脓肿，这种情况单纯通过药物治疗效果并不理想，容易有反复和加重的情况，需要通过手术的方法进行治疗。
如果肛周的红肿是由于肛门潮湿，或者存在湿疹刺激所引起，主要使用除湿止痒膏，或者是氟芬那酸丁酯软膏等药物进行治疗。同时还可以配合稀释的高锰酸钾溶液进行清洗。