感染巨细胞病毒后其临床表现是多种多样的。没有症状的亚临床感染，还有严重的有临床表现的巨细胞病毒感染。先天性的巨细胞病毒感染多为胎儿宫内感染所致，也就是说母体当中存在通过胎盘传递给孩子。往往这样的临床表现为多系统、多器官的损害。
首先就是发育落后，主要的特征为早产儿、低体重儿，出生后发育非常迟缓，不管是智力方面的还是身高、体重方面的。
其次，肝脏损害。主要表现为一直黄疸持续性的不退。肝脾肿大、肝功能受损。他的黄疸的特点就是在出生后24小时以内。生理性黄疸期及生理性黄疸消退或减退后出现。所以有一些出生15天后，没有退黄疸的患儿，我们一般都常规查巨细胞病毒，防止是因为巨细胞病毒感染导致的。往往他的肝损害是谷丙氨酸谷草氨酸中度的升高，其增高的程度是不如乙肝那么明显的。
第三点少数严重者可伴有血清蛋白，尤其是血清白蛋白降低。肝脏损伤恢复之后，经过我们彻底的治疗，是可以彻底恢复的。 对于血液系统的损害多数患儿有轻度中度的贫血，少数患儿有血小板减少性的紫癜。
第四点可能会给患儿造成间质性肺炎。患儿出生没几天，就出现了肺炎的情况，也要高度怀疑是否是存在巨细胞病毒感染。
第五，还有中枢神经系统的感染。胎儿早期感染，导致脑坏死、钙化脑发育迟缓。甚至出生表现为，小脑路他的前囟门早早的闭合了。其他的损害你比如心肌炎、关节炎、膀胱炎都是有的。但是还是以干燥跟中枢神经的损害是比较严重。