背部毛囊炎大多进行非手术治疗。
由于毛囊炎为细菌感染引起，当临床症状较轻时，可以使用外用抗菌的软膏进行治疗，比如莫匹罗星软膏、红霉素软膏。感染较严重时，可配合口服抗生素类药物进行治疗，比如阿莫西林、阿奇霉素，可配合外用类固醇类软膏，能够起到消肿、抗炎的作用，改善不适症状。
如果毛囊炎特别严重，已经出现化脓、溃烂的情况，必要时应进行手术治疗，先对局部打麻醉药，然后在无菌操作下切开病灶，引流出脓液。