出现了早上肾疼的可能原因是：
1.休息的床铺比较软，身体得不到完全休息和放松、腰部肌肉痉挛等，使清晨起床后会出现肾痛。需要改变睡觉的姿势，做舒缓运动可以缓解。
2.由于肾脏本身的疾病导致了早上肾疼，如肾结石、肾囊肿、肾肿瘤，以及泌尿系感染，尤其是肾盂肾炎后，因为合并了肾周炎，肾痛会更加明显。
3.由于腰椎肌肉的问题而导致了早上肾疼，主要包括腰椎间盘突出、腰肌劳损、腰椎的骨质增生和腰椎的肌筋膜炎等，往往睡眠一晚上后，清晨起床疼痛会更加明显。需要进行适当活动或者进一步检查，包括CT，给予合理治疗。
4.当肾脏周围的脏器发生病变后，如胰腺炎、胆囊炎，也会出现肾疼。