胆汁反流通常因胃的幽门功能发生紊乱，幽门括约肌的机能失调。胆汁反流多见于胃大部切除、胃空肠吻合术后，以及幽门功能失常和慢性胆道疾病。
细菌尤其是幽门螺杆菌感染、胃酸、胆汁等损害胃黏膜造成炎症，增加胃泌素释放，影响胃十二指肠动力，导致胃-幽门-十二指肠协调运动失调，引起十二指肠逆蠕动增加、幽门关闭功能减弱、胃排空延迟，使得十二指肠内容物过量反流入胃。
除此之外，胆道的结石和炎症、胃肠道的肿瘤、肝脏的病变等，都可能引起胆汁反流。