新型冠状病毒感染之后，可能会引起不同程度的肺部炎症。除此之外，肺部还会出现不同程度的实变。新型冠状病毒感染之后，不仅侵犯肺组织，对脾脏、肺门淋巴结和骨髓也有不同程度的损伤。
除此之外还会引起心肌细胞的变性和坏死以及部分血管内皮脱落，内膜炎症以及血栓形成。新型冠状肺炎还会侵犯肝脏、肝脏、肾脏。
现在已有人在男性的睾丸中发现了新型冠状病毒。有些人的大脑组织中也发现了新型冠状病毒。所以新型冠状病毒对人体的损伤是多器官的。