含牙囊肿一般不会自行消失。因为含牙囊肿之所以发生，是因为牙齿的牙冠和牙根形成以后，形成牙齿的缩余釉上皮跟牙冠之间会有一些液体的分泌，这些分泌的液体在局部蓄积，会刺激局部囊壁扩张，形成囊性病变。
这种囊肿要消失一般需要两个条件：
第一个牙齿萌出或者牙齿拔除。
第二个是其中的囊液被彻底引流，囊壁消失。这两个条件一般很难实现自我恢复，需要外科手术的干预。比如可以拔除埋伏牙，造成囊肿引流口。
如果这个条件达到了，其中囊液可以逐步被引流，引流以后囊肿会逐渐缩小，最终可能会消失。在没有任何外科干预措施的情况下，含牙囊肿自己消失的可能性极低。
对于含牙囊肿，一般发现以后，要及时拍片子，评估它的大小和病原牙的情况，需要制定一个合适的手术治疗方案。一般是进行囊肿刮除手术，同时要拔除其中受累的牙齿，这样含牙囊肿就根治了。