颅骨骨髓炎一般不会影响到呼吸。但如果颅骨骨髓炎合并硬膜下脓肿、硬膜外脓肿、脑内脓肿、脑干脓肿或引起脑膜炎等时，由于脓肿对脑组织压迫或脓液对脑膜刺激，对呼吸功能则有影响。
特别是脑干脓肿，由于呼吸中枢位于脑干的延髓，如感染，蔓延到脑干，不仅呼吸功能受影响，可能会影响生命甚至死亡。
因此一旦发现颅骨骨髓炎，早期应用大剂量广谱有效的抗生素联合治疗，疗程时间要足够，一般在八周左右。早期如脓肿形成，即应进行手术通畅引流，以减少颅内感染的机会，减轻并发症及致残率。