霉菌引起的慢性阴道炎由于症状反复，而且经过多次的治疗可能会导致病菌的耐药性。因此治疗有一定的难度，所以治疗周期会比较长，不能采取单一的治疗方案，要根据患者的具体病情进行综合性的治疗。
首先，要进行药物敏感试验，明确真菌类型以及敏感药物，然后选择有针对性的治疗真菌的药物进行系统性的治疗，比如局部用药、口服治疗等。
另外，还要明确引起霉菌性阴道炎的具体病因，比如糖尿病、消化系统真菌感染、口腔真菌感染等，针对病因进行治疗，才能更好促进霉菌性慢性阴道炎早日好转。治疗期间还要定期复诊评估治疗效果，不要随意停止治疗，要有战胜疾病的信心。