慢性筛窦炎一般给予头孢菌素类抗生素、红霉素类抗生素，如克拉霉素、地红霉素等以及左氧氟沙星类抗炎药，并且口服促进鼻黏膜通畅引流的药物以及促进黏液稀释的药物，如氨溴索等。同时使用鼻喷药物，如羟甲唑啉滴鼻液、布地奈德鼻喷剂等药物，收敛肿胀的鼻腔黏膜，促进鼻窦窦口引流通畅，同时给予生理盐水做鼻腔冲洗，清理掉鼻腔的分泌物。
如果炎症症状比较明显并有持续性头痛、流脓性鼻涕，并且伴有发热等全身感染的症状，需要全身静脉输入抗生素以及退热等对症治疗方案。由于慢性筛窦炎迁延反复，多由急性筛窦炎转归而来，所以治疗上应该足量足疗程使用抗生素，积极治疗急性筛窦炎，同时注意休息，口服增强自身免疫力的食物或者药物，直到筛窦炎治愈。