口腔溃疡散长期使用有可能会产生耐药性，会导致溃疡面黏膜对药物的敏感性减弱、疗效降低。
针对反复发作或经久不愈合的口腔溃疡，不宜自行长期使用这个药物，要去医院的口腔科就诊检查，在医生的帮助下治疗。
尤其是针对疱疹型或频繁发作的复发性口腔溃疡、重型阿弗他溃疡，要接受正规治疗，需经检查后制定个体化治疗方案。常用药物包括口腔溃疡散、氯己定含漱液、地塞米松溃疡糊剂、重组人表皮生长因子喷剂、复方甘菊利多卡因凝胶等，可在医师指导下针对口腔溃疡情况选择使用。