脑型血吸虫病的典型症状是发热、头痛、呕吐等，部分严重患者的脑组织受损，可以出现癫痫的症状。若引起脊髓损害，可以发生肢体瘫痪，有些患者则出现不同程度的意识障碍。
临床上可将脑型血吸虫病分为急性型和慢性型。急性型较少见，多见于免疫力低下的初次感染者。常有明确的疫水接触史，好发于夏季，常暴发起病，在感染后4~6周出现症状，以脑膜脑炎为主要表现。
慢性型一般发生于感染后3~6个月，主要由于血吸虫虫卵沉积于脑组织内，导致肉芽肿的形成而产生。临床表现有肿瘤型、癫痫型，也可表现为脊髓压迫型。