对于肾石症治疗主要分为三方面：保守治疗、体外冲击波碎石、手术治疗。
对于保守治疗，主要适合于泥沙样结石或者结石较小的患者，如肾脏结石小于6毫米，表面圆润光滑，那么需要每天多喝水、勤排尿，必要时可以口服金钱草颗粒、肾石通片，有助于通淋利湿。那么可以使泌尿系统产生大量尿液，从而有助于小结石结晶的排出，而对于体外冲击波碎石，主要适合于肾脏结石一公分左右，而且没有引起肾盂积水，可以进行体外碎石。
对于手术碎石，主要适合于不适合用体外冲击波碎石的患者或者引起肾盂结石或者积水的患者，那么可以进行输尿管软镜、激光碎石或者经皮肾镜碎石，如果结石超过两公分，那么首选经皮肾镜。