针刀疗法的副作用包括导致局部的出血和感染，有时可能导致误伤周围的重要组织。
针刀疗法是一种闭合性松解术，介于手术与保守治疗之间。针刀疗法治疗疾病是通过针刀刺入病变组织，进行切割、剥离以达到止痛的目的。正当疗法的优点是操作简单、创伤小、不需要缝合，一般不容易导致感染，术后恢复快，患者容易接受。临床上针刀主要应用于软组织损伤性病变，以及部分关节退行性病变。如颈椎病、腰椎间盘突出、腰椎的退行性病变、腰肌的劳损、狭窄性腱鞘炎、网球肘。
然而针刀也有副作用，如果术者对于解剖掌握的不是非常清楚，很容易损伤周围重要的组织、血管和神经，消毒不严格，容易导致感染。