尿尿的时候疼痛可能与泌尿系统的感染或者泌尿系统结石有关。
泌尿系统感染包括膀胱炎、尿道炎、肾盂肾炎等疾病。临床症状主要表现为尿频、尿急、尿痛，因为大部分泌尿系统感染由于细菌引起，所以可伴有寒战、高热的症状，临床可通过口服喹诺酮类或者头孢类药物进行治疗。
而泌尿系统结石包括膀胱结石、肾结石、输尿管结石等。因结石堵塞于泌尿系统导致小便不利，排尿时剧烈疼痛。临床的治疗主要为消除病因治疗和碎石，包括体外激光碎石或者手术取石等。