移植物抗宿主病的发生，是移植后异体供者移植物中的T淋巴细胞，以受者靶细胞为目标，发动细胞毒攻击而致病。最常见到的累及器官是皮肤、肝以及胃肠道。
发生移植物抗宿主病的时候，供者和受者HLA配型的不合位点越多，发生的可能性越大。另外，如果是女性经产妇或者是受孕多次，由于在妊娠期间，受到胎儿的异体抗原刺激而致敏，她们所提供的移植物，容易诱发移植物抗宿主病。
另外，移植物抗宿主病的发生，还有可能和年龄比较大，或者是受者移植前反复的输血，或者是受者和供者发生病毒感染，都有可能会导致移植物抗宿主病的发病率增加。