卵巢囊肿的类型有很多种。如果是单纯性囊肿，一般比较容易治疗，但是有些囊肿很容易复发，就很难治疗。
有些交界性囊肿或恶性囊肿治疗也比较棘手，比如常见的卵巢巧克力囊肿，由于该囊肿很容易与卵巢周围组织粘连，手术很难剥除干净，手术后很容易复发，手术后还需要继续使用药物控制，手术次数越多，粘连越重，手术难度越大。
此外卵巢粘液性囊腺瘤手术后也很容易复发，手术后很快又长出来，没有好的办法控制复发，治疗也比较困难。卵巢囊肿是否难治疗主要取决于卵巢囊肿的性质。