三叉神经痛分为两类。即原发性的三叉神经痛和继发性的三叉神经痛。两者的病因是不同的。原发性三叉神经痛病因目前尚不完全清楚。可能为颅后窝的异常小细格团压迫牵拉三叉神经根，或者是供应三叉神经的动脉硬化导致局部的缺血，产生的三叉神经有随纤维脱髓鞘。
导致三叉神经神经纤维传导发生短路。这样面部轻微的触觉冲动，容易导致疼痛的爆发。继发性的三叉神经痛往往是有原因的，多由于肿瘤压迫三叉神经引起。常见的肿瘤有桥脑小脑角的肿瘤，三叉神经半月神经节肿瘤，鼻咽癌转移，多发性硬化等等。针对三叉神经痛不同病因，手术治疗的方法也是不一样的。对于继发性的三叉神经痛一般建议切除肿瘤，缓解三叉神经痛的疼痛。