慢性肠炎引起了脱肛可用痔疮栓等外用药物，治疗效果较好。慢性肠炎与免疫力和细菌感染都有关系，主要的药物有氧氟沙星、乳酸菌素片，还可以使用激素。
特别是溃疡性的慢性肠炎，出现了脓血便，大便次数比较多，可以用激素来灌肠。慢性肠炎者要注意补充蛋白质及维生素，可以选优质蛋白质食品，如鱼、豆制品和新鲜菜，蔬菜最好是食用菜汁。
由于慢性肠炎病人消化吸收差，所以最好就是选择一些容易消化的、半流少渣食物，如粥、面条、泡饭等，同时一次不要吃太多。