核磁共振检查不一定比CT要好。两种检查方式一般在很多地方都是重叠的，通常能够起到互补的作用。
比如，如果怀疑患者有急性的脑梗塞，一般会首选做核磁共振检查，因为核磁共振检查能够比CT更早的发现脑梗塞的病灶。而当临床医生怀疑患者有脑出血时，一般都会首选做CT检查。当患者有腹部或者是脊柱、脑部等软组织的病变时，一般可以优先选择做核磁共振检查，可能比CT的影像清晰度更高一些，而当患者有肺部或者是胃肠道的疾病时，一般CT的效果会更好一些。
如果患者还有骨折，一般也会选择CT。当患者要检查肌肉或者是血管神经的病变，是核磁共振的效果要比CT更好一些。