口腔颌面部的囊肿是由多种因素引起的，因为发病部位的不同，其发病原因也会有所差异，分为以下几种类型，牙源性感染刺激牙周膜上皮残余组织增生、液化、变性，逐渐形成根尖周囊肿。
外伤、手术后皮下组织植入的上皮细胞可发展形成表皮样的囊肿，炎症和损伤的刺激，容易形成始基囊肿，颌骨内未萌出的牙齿形成含牙囊肿。
胚胎时期未退化，残留鳃裂组织发展形成的囊肿，由皮脂腺排泄管发生阻塞，增多的内容物膨胀而形成的皮脂腺囊肿，还有唾液腺导管被堵塞，使的唾液不能顺畅的排出，引发的黏液腺囊肿。