腘窝囊肿是因为膝关节积液后，大量积液顺着膝关节后方裂隙进入到腘窝导致的，是一种囊性病变，触摸肿物时有捏皮球感觉；而脂肪瘤是因为脂肪组织大量堆积导致的，一般为实性肿物，触摸肿物时有实性感觉。
腘窝囊肿为圆形或者椭圆形肿物，脂肪瘤多为分叶状。腘窝囊肿仅发病于腘窝部位，而脂肪瘤好发于躯干、四肢等部位。
腘窝囊肿一般不会出现局部疼痛的情况，随着囊肿逐渐增大可能出现膝关节胀痛，不能下蹲；脂肪瘤随着肿瘤体积增大，压迫到神经，可能出现局部疼痛。