非典型肺炎的患者也存在1-2周的潜伏期，大部分患者潜伏期在3-5天。在潜伏期的时候患者可能没有任何的症状不适。
随着疾病的发病，患者可以出现发热的主要症状，同时伴有干咳、畏寒、寒战并伴有头痛、肌肉酸痛、全身乏力和腹泻等症状表现。如果感染进一步加重患者可以出现气喘、呼吸困难。非典型肺炎的传染性非常强，疾病进展也非常快。
所以一旦确诊该疾病一定要积极的隔离治疗，防止由于治疗不及时导致不良后果的发生。