幽门螺杆菌耐药性非常强，目前治疗幽门螺杆菌临床上公认的、最有效的方法为四联疗法，也就是胃酸抑制剂+铋剂+2种抗生素口服。胃酸抑制剂为奥美拉唑、雷贝拉唑、艾司美拉唑等。铋剂为枸橼酸铋钾。抗生素为阿莫西林、左氧氟沙星、呋喃唑酮、克拉霉素、四环素、甲硝唑等。
用药期间应注意药物的副作用，如恶心、肝肾功能改变等等。一般疗程为10-14天，停药4周后，再次检测是否有幽门螺杆菌，再根据结果决定是否继续治疗。
其他的治疗幽门螺杆菌的方法有中医辩证治疗，经常食用西兰花、大蒜等蔬菜也有一定的辅助疗效。